学校法人九州ルーテル学院は、1926年、アメリカのルーテル教会より派遣されたマーサ・B・エカード宣教師により創立された。この九州ルーテル学院が新たに設置するのが、各種学校として運営される九州ルーテル学院インターナショナルスクール小学部である。
学院の建学の精神である「キリスト教の精神に基づく人格教育を行い、識見を高め、情操を養い、愛をもって平和を実現するために、神に仕え他者に進んで奉仕する人を育成する。」を教育の理念とし、「神の豊かな恵みに感謝し、愛と奉仕に生きること」というスクールモットー「感恩奉仕」を進んで体現できる国際人の育成を行う。
創立時より英語教育をその特徴とし、国際的視野の獲得を目指すため、年間行事として「世界善意デー」を設け、イギリス、アメリカ、ドイツ、フランスの学生との交換の手紙の発表、絵葉書や服装の展示、各国の歌やダンス等を披露する機会も設けてきた。さらに高校・大学とオーストラリアや欧米、韓国、台湾等アジアとの交換留学生、研修旅行、異文化圏体験学修等を通した国際交流を進めてきている。
2026年に学院創立100年を迎えることもあり、創立以来のこのような多様性を尊重し、グローバル・リーダーシップを身につける学院の教育を更に深化し、真の国際人を育成するために、2024年4月をもってこの九州ルーテル学院インターナショナルスクール小学部を開校する。
毎日の礼拝を通してキリスト教の精神に基づく人格教育を行う。さらに、国際的視野の獲得のため国際バカロレア(IB)のプライマリー・イヤーズ・プログラム(PYP)のカリキュラムに基づき、英語力と思考力を同時に育むために、自ら深く考え、答えのない課題を追求できる探究型アクティブ・ラーニングを英語で行う。特に異なる文化や英語力を持った児童が一緒に協働しながら学びを進めるため、少人数での個別サポートを含む一人ひとりを大切にした指導を目指す。また、熊本県における国際教育発展のために連携協定を締結したアオバインターナショナルエデュケイショナルシステムズと協力し、児童の交流事業を実施すると共に、国際バカロレアのプライマリー・イヤーズ・プログラム(IB PYP)候補校資格を申請し、2027年までの取得を目指す。